Το Πρόγραμμα «Νησίδες Αριστείας» στοχεύει στην προώθηση της επιστημονικής αριστείας, η οποία αποτελεί θεμελιώδη βάση για την αειφόρο ανάπτυξη του Συστήματος ΕΤΑΚ, μέσω της χρηματοδότησης πρωτοποριακών ερευνητικών έργων σε τομείς αιχμής. Επιπρόσθετα, το Πρόγραμμα αναμένεται να συνεισφέρει στη δημιουργία προοπτικών ανάπτυξης για την τοπική οικονομία και στην αντιμετώπιση των σύγχρονων κοινωνικών και άλλων προκλήσεων.